承担全区地表水生态环境监管工作，拟订并监督实施全区重点流域生态环境规划和水功能区划，建立并组织实施水体交接断面水质考核制度，监督管理饮用水水源地生态环境保护工作，监督指导入江河排污口设置。承担海洋生态环境相关工作。承担工业污染源综合管理和生态环境业务综合工作。